A kutatási fókuszok a Duna-Intézet az európai integráció, valamint a közép- és kelet-európai államok sajátos átalakulási folyamatai, illetve ezeknek az Európai Unióra gyakorolt hatásai területén helyezkednek el. Emellett kiemelt figyelmet fordítunk az EU azon stratégiáira és politikáira, amelyek Közép- és Kelet-Európa, valamint a keleti szomszédos országok és a Nyugat-Balkán államainak fejlődésére irányulnak. A cél az, hogy az AUB-t interdiszciplináris kutatásokkal profilozzák az Európai Unió integrációs, csatlakozási és szomszédsági politikájának aktuális fejleményeiről, valamint Közép- és Kelet-Európa régiójának sajátos fejleményeiről és problémáiról, és a régióban a régióval foglalkozó gondolkodóközponttá fejlesszék. Így az AUB-n minden tudományágban egyedülálló módon rendelkezésre álló szakértelem az európai átalakulási folyamatok, valamint a közép- és kelet-európai régió tekintetében optimálisan érvényesülhet.
A kutatás a következő keretek között összpontosít: három fő terület Közép- és Kelet-Európa régiójának kiemelt jelentőségére az európai integrációs folyamatokban: