Miután 1989-ben Kölnben és Londonban szerzett jogi végzettséget, Herbert Küpper Kölnben és Budapesten végezte el a jogi gyakornoki szolgálatot. 1997-ben a Kölni Egyetem Kelet-jogi Intézetében szerzett doktori fokozatot a magyar kisebbségi jogról szóló disszertációjával, majd 2002-ben habilitált egy közigazgatási jogi dogmatikai munkával („Kollektív jogok a rendszerbeli igazságtalanságok orvoslásában“).
2003 óta a regensburgi Kelet-jogi Intézet magyar és koszovói joggal foglalkozó tudományos munkatársa, 2004 óta pedig az intézet ügyvezetője. Hosszabb kutatói tartózkodásai során a Nagoya-i Egyetem Ázsiai Jogi Csereprogram Központjában (2010/11), valamint a Magyar Tudományos Akadémia Állam- és Jogtudományi Intézetébe (2014). 2001 és 2003 között a csatlakozási előkészületek keretében oktatta a magyar bírójelölteket és több megyei bíróságon, 2009 és 2012 között pedig vezető szakértőként vett részt egy, a koszovói jogtudományi infrastruktúra kiépítését célzó tanácsadói projektben.
Herbert Küpper 2003 óta tanít az Andrássy Egyetemen. Emellett rendszeresen oktat a Pécsi Egyetem doktori képzésén, valamint a szegedi egyetem ‚szakfordító-képzés‘ szakán. Oktatói megbízatásokat vállalt a müncheni, bécsi, regensburgi, ljubljanai, nagojai és tokiói egyetemeken. 2007-ben az Andrássy Egyetem tiszteletbeli professzorrá nevezte ki, 2014-ben pedig a Pécsi Egyetem ‚Doctor et Professor Honoris Causa‘ címet adományozott neki.
2022 óta Herbert Küpper az Andrássy Egyetem Európai Közjog és Alapjai Tanszékének oktatója. Kutatási területei a közigazgatási és alkotmányjog összehasonlító elemzése, a magyar jog és a kelet-európai jog.
